強制調査とは異なり、各税法に基づき、調査官により納税者の同意を得て行われる調査をいいます。一般的な税務調査のほとんどの場合、任意調査です。各税法に定めるとおり、担当職員は「質問検査権」の範囲内で調査を行う権限を有しており、税法上、納税者はこの質問を黙秘したり、虚偽の陳述をすることに罰則が規定されているとともに調査受認義務が課せられています。
任意調査が行われる際には、納税者または関与している税理士あてに、電話もしくは文書で事前通知(1 週間以上前に)されるのが一般的です。なお、通知された日程について、都合が悪い場合は、変更することもできます。ただし、現金で商売を行っている事業者等に対しては、ありのままの事業実態の確認を行う必要と判断された場合に、抜き打ちで調査することもあります。事前通知については、所得税の調査の場合でおよそ8 割、法人税の調査の場合でおよそ9割行われております。